(Tidak) Tersangka Novel Coronavirus asal Kelelawar

A studi terbaru mengidentifikasi itu coronavirus baru yang bertanggung jawab atas epidemi pneumonia di provinsi Hubei, Cina—virus asal kelelawar terkait dengan virus corona patogen lain yang diketahui

Grafik 2019 novel coronavirus (CoV) menyebabkan pneumonia fatal yang telah merenggut lebih dari 1300 nyawa, dengan lebih dari 52000 kasus infeksi yang dikonfirmasi oleh 13 Februari 2020, semuanya dalam rentang waktu lebih dari sebulan. Tapi, apa virus ini? Apakah itu virus baru sama sekali? Dari mana asalnya? Para ilmuwan dari lembaga penelitian terkemuka di China bekerja sama untuk menjawab pertanyaan-pertanyaan ini, dan studi perintis ini telah diterbitkan di Jurnal Medis Cina.

https://www.youtube.com/watch?v=jFKWluuMdgs

Pada awal Desember, beberapa orang di kota Wuhan di provinsi Hubei China mulai jatuh sakit setelah pergi ke pasar makanan laut lokal. Mereka mengalami gejala seperti batuk, demam, dan sesak napas, bahkan komplikasi terkait sindrom gangguan pernapasan akut (ARDS). Diagnosis langsungnya adalah pneumonia, tetapi penyebab pastinya tidak dapat dijelaskan. Apa yang menyebabkan wabah baru ini? Apakah itu sindrom pernafasan akut yang parah (SARS)-CoV? Apakah itu sindrom pernapasan Timur Tengah (MERS)-CoV? Ternyata, para ilmuwan telah melakukan penelitian untuk mengidentifikasi virus ini pada bulan Desember setelah menganalisis beberapa kasus pertama. Studi ini sekarang diterbitkan di Jurnal Medis Cina dan identitas virus telah ditetapkan—ini adalah virus yang benar-benar baru, terkait erat dengan CoV mirip SARS kelelawar. Dr. Jianwei Wang (Akademi Ilmu Kedokteran China, Institut Biologi Patogen), peneliti utama dalam studi tersebut, menyatakan, “Makalah kami telah menetapkan identitas CoV asal kelelawar yang tidak diketahui sampai sekarang."

Dalam penelitian ini, para ilmuwan dari lembaga penelitian terkenal di Tiongkok, seperti Akademi Ilmu Kedokteran Tiongkok, Institut Biologi Patogen, Rumah Sakit Persahabatan Tiongkok-Jepang, dan Peking Union Medical College, bersama-sama menemukan dan mengidentifikasi CoV baru—penyebab utama penyakit ini. wabah Wuhan—oleh next generation sequencing (NGS). Mereka fokus pada lima pasien yang dirawat di Rumah Sakit Jin Yin-tan di Wuhan, yang sebagian besar adalah pekerja di Pasar Makanan Laut Huanan di Wuhan. Pasien-pasien ini mengalami demam tinggi, batuk, dan gejala lainnya, dan pada awalnya didiagnosis menderita pneumonia, tetapi penyebabnya tidak diketahui. Beberapa kondisi pasien dengan cepat memburuk menjadi ARDS; satu bahkan meninggal. Dr Wang berkata, “Rontgen dada pasien menunjukkan beberapa opasitas kabur dan konsolidasi, yang khas pneumonia. Namun, kami ingin mencari tahu apa yang menyebabkan pneumonia, dan eksperimen kami selanjutnya mengungkapkan penyebab pastinya—CoV baru yang tidak diketahui sebelumnya."

Untuk penelitian ini, para ilmuwan menggunakan sampel cairan bronchoalveolar lavage (BAL) yang diambil dari pasien (BAL adalah prosedur di mana cairan steril dipindahkan ke paru-paru melalui bronkoskop dan kemudian dikumpulkan untuk dianalisis).

Pertama, para ilmuwan berusaha mengidentifikasi virus dengan pengurutan genom, menggunakan teknologi NGS. NGS adalah metode skrining yang lebih disukai untuk mengidentifikasi patogen yang tidak diketahui karena dengan cepat mendeteksi dan menyingkirkan semua mikroorganisme patogen yang diketahui dalam sampel. Berdasarkan pengurutan DNA/RNA dari sampel cairan BAL, para ilmuwan menemukan bahwa sebagian besar bacaan virus milik keluarga CoV. Para ilmuwan kemudian mengumpulkan "bacaan" berbeda yang dimiliki oleh CoV dan membangun seluruh urutan genom untuk virus baru; urutan ini 99.8-99.9% serupa di antara semua sampel pasien, membenarkan bahwa virus ini adalah patogen umum pada semua pasien. Selanjutnya, menggunakan analisis homologi, di mana urutan genom dibandingkan dengan urutan genom lain yang diketahui (dengan ambang batas yang telah ditetapkan 90% untuk dianggap sebagai urutan "baru"), mereka mengkonfirmasi bahwa urutan genom virus baru ini adalah 79.0% mirip dengan SARS-CoV, sekitar 51.8% mirip dengan MERS-CoV, dan sekitar 87.6–87.7% mirip dengan CoV mirip SARS lainnya dari kelelawar tapal kuda Cina (disebut ZC45 dan ZXC21). Analisis filogenetik menunjukkan bahwa urutan lima galur CoV yang diperoleh paling dekat dengan galur turunan kelelawar, tetapi membentuk cabang evolusi yang terpisah. Temuan ini jelas menunjukkan bahwa virus itu berasal dari kelelawar. Dr Wang menyatakan, “Karena kesamaan gen replikasi virus dengan semua virus “serupa” lainnya yang diketahui masih kurang dari 90%, dan juga dengan mempertimbangkan hasil analisis filogenetik, kami menganggap bahwa ini memang merupakan CoV baru yang sebelumnya tidak diketahui. Virus baru ini untuk sementara disebut 2019-ncov."

Terakhir, para ilmuwan pindah untuk "mengisolasi" virus dari sampel cairan BAL dengan memeriksa apakah sampel cairan menunjukkan efek sitopatik pada garis sel di laboratorium. Sel-sel yang terpapar sampel cairan diamati di bawah mikroskop elektron, dan para ilmuwan menemukan struktur mirip CoV yang khas. Mereka juga menggunakan imunofluoresensi—teknik yang menggunakan antibodi spesifik yang ditandai dengan pewarna fluoresen. Untuk ini, mereka menggunakan serum dari pasien yang pulih (yang mengandung antibodi), yang bereaksi dengan partikel virus di dalam sel; ini menegaskan bahwa virus ini memang penyebab infeksi.

Studi ini membuka jalan bagi studi di masa depan untuk memahami virus dan sumbernya dengan lebih baik, terutama mengingat penyebarannya yang cepat, kemampuannya menyebabkan ARDS yang fatal, dan kepanikan yang disebabkan oleh wabah tersebut. Meskipun 4 dari 5 pasien dari mana virus ini diidentifikasi berasal dari pasar makanan laut di Wuhan, asal pasti infeksi tidak diketahui. CoV dapat ditularkan ke manusia melalui pembawa “perantara”, seperti dalam kasus SARS-CoV (daging luwak sawit) atau MERS-CoV (unta). Dr Wang menyimpulkan, “Semua CoV manusia bersifat zoonosis, dan beberapa CoV manusia berasal dari kelelawar, termasuk SARS dan MERS-CoV. Studi kami dengan jelas menunjukkan kebutuhan mendesak untuk pemantauan rutin penularan CoV asal kelelawar ke manusia. Munculnya virus ini merupakan ancaman besar bagi kesehatan masyarakat, dan oleh karena itu, sangat penting untuk memahami sumber virus ini dan memutuskan langkah selanjutnya sebelum kita menyaksikan wabah skala yang lebih besar.. "