Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit AS, CDC, meluncurkan konsorsium untuk memulai jaringan laboratorium sekuensing nasional yang akan mempercepat rilis data sekuens SARS-CoV-2 ke domain publik. Rilis cepat data urutan virus korona terbuka akan membantu memandu Covid-19 respons kesehatan masyarakat, mendorong inovasi dan penemuan, dan meningkatkan pemahaman tentang pandemi ini dan masa depan.
Kredensial mikro Urutan SARS-CoV-2 untuk Tanggap Darurat Kesehatan Masyarakat, Epidemiologi dan Pengawasan (SPHERES) konsorsium, yang akan sangat memperluas penggunaan sekuens seluruh genom (WGS) dari virus COVID-19. SPHERES akan memberikan data urutan waktu nyata yang konsisten kepada tim tanggapan kesehatan masyarakat yang menyelidiki kasus dan kelompok COVID-19 di seluruh negeri.
Konsorsium baru ini akan membantu mereka lebih memahami bagaimana virus itu menyebar, baik secara nasional maupun di komunitas lokal mereka. Data yang lebih baik, pada gilirannya, akan membantu pejabat kesehatan masyarakat memutus rantai penularan, mencegah kasus penyakit baru, dan melindungi serta menyelamatkan nyawa.
“AS adalah pemimpin dunia dalam pengurutan genom cepat yang canggih. Upaya terkoordinasi di seluruh laboratorium kesehatan publik, swasta, klinis, dan akademik kami ini akan memainkan peran penting dalam memahami penularan, evolusi, dan pengobatan SARS-CoV-2. Saya yakin bahwa pikiran kita yang terbaik dan paling terampil bekerja sama untuk membantu kita menyelamatkan hidup hari ini dan besok, ”kata Direktur CDC Robert Redfield, MD
Melacak virus COVID-19 saat berkembang
Data urutan genom dapat memberikan wawasan yang belum pernah terjadi sebelumnya tentang biologi SARS-CoV-2, virus yang menyebabkan COVID-19, dan membantu menentukan lanskap pandemi yang berubah. Dengan mengurutkan virus dari seluruh Amerika Serikat, CDC dan otoritas kesehatan masyarakat lainnya dapat memantau perubahan penting pada virus dan menggunakan informasi ini untuk memandu pelacakan kontak, upaya mitigasi kesehatan masyarakat, dan strategi pengendalian infeksi.
Konsorsium SPHERES adalah upaya ambisius untuk mengoordinasikan pengurutan genom SARS-CoV-2 secara nasional, mengorganisir lusinan upaya individu yang lebih kecil ke dalam satu jaringan laboratorium, lembaga, dan perusahaan terdistribusi. Konsorsium ini menggabungkan keahlian, teknologi, dan sumber daya dari 40 departemen kesehatan masyarakat negara bagian dan lokal, beberapa laboratorium klinis besar, dan lebih dari dua lusin institusi yang bekerja sama di seluruh pemerintah federal, akademisi, dan sektor swasta.
SPHERES akan menetapkan praktik terbaik dan standar data konsensus, mempercepat berbagi data terbuka, dan menetapkan kumpulan sumber daya dan keahlian untuk membantu menghadirkan teknologi mutakhir untuk respons COVID-19 nasional.
Data SPHERES terbuka, dibagikan
Anggota konsorsium memiliki komitmen untuk berbagi urutan terbuka secara cepat. Mereka berencana untuk mengirimkan semua data urutan yang berguna ke dalam repositori publik di National Library of Medicine's National Center for Biotechnology Information (NLM / NCBI), Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID), dan repositori urutan publik lainnya. Ini akan membantu memastikan bahwa data urutan virus dari seluruh Amerika Serikat dengan cepat tersedia untuk pengambilan keputusan kesehatan masyarakat dan dapat diakses secara bebas oleh peneliti di mana pun.
Anggota konsorsium meliputi:
Badan federal dan laboratorium
Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit, Kantor Deteksi Molekuler Tingkat Lanjut
Argonne National Laboratory
Badan Kesehatan Pertahanan, Infeksi Global Penyakit Pengawasan
Food and Drug Administration
Lawrence Berkeley National Laboratory
Los Alamos National Laboratory
Institut Nasional Alergi dan Penyakit Menular, Kantor Genomik dan Teknologi Canggih
Institut Nasional Standar dan Teknologi
Pusat Informasi Bioteknologi Perpustakaan Nasional Kedokteran
Walter Reed Army Institute of Research
Laboratorium kesehatan masyarakat negara bagian / lokal
Arizona
California
Delaware
District of Columbia
Florida
Hawai
Maine
Maryland
Massachusetts
Michigan
Minnesota
North Carolina
North Dakota
Nevada
New Mexico
NY
Utah
Virginia
Washington
Wisconsin
Wyoming
Institusi Akademik
Baylor University
Cornell University
Pusat Penelitian Kanker Fred Hutchinson
Fakultas Kedokteran Mount Sinai
New York University
Northern Arizona University
University of Buffalo
University of California, Berkeley
University of California, Davis
University of California, Irvine
Universitas California, Los Angeles
University of California, San Francisco
University of California, Santa Cruz
University of Chicago
University of Maryland
University of Minnesota
Universitas Nebraska
University of New Mexico
Universitas Washington
Universitas Yale
Perusahaan
Diagnostik Abbott
bioMerieux
Genomik Warna
Biowork Gingko
IDolehDNA
Di-Q-Tel
LabCorp
Satu Codex
Teknologi Oxford Nanopore
Biosains Pasifik
Qiagen
Diagnostik Pencarian
Sesungguhnya Ilmu Kehidupan
Nama perusahaan disediakan untuk tujuan informasi saja, dan pencantumannya di sini bukan merupakan dukungan dari perusahaan atau produk komersial atau layanan mereka oleh Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit AS.
Lembaga penelitian atau kesehatan masyarakat nirlaba
Asosiasi Laboratorium Kesehatan Masyarakat
Bill dan Melinda Gates Foundation
Lembaga Luas
Chan Zuckenberg BioHub
Institut Craig Venter
Aliansi Kesehatan Masyarakat untuk Epidemiologi Genomik
Penelitian Skrip
Laboratorium Jackson
Institut Penelitian Genomik Terjemahan - Utara
Yayasan Walder
Selama enam tahun terakhir, program Kantor Deteksi Molekuler Lanjutan CDC telah berinvestasi di laboratorium kesehatan masyarakat federal dan negara bagian untuk memperluas penggunaan genomik patogen dan teknologi laboratorium canggih lainnya untuk pengawasan penyakit menular dan respons wabah. Investasi konsorsium saat ini bertujuan untuk menyelamatkan nyawa dalam pandemi SARS-CoV-2 dan mempersiapkan Amerika Serikat dan dunia untuk respons pandemi di masa depan.
Untuk mempelajari lebih lanjut tentang pengurutan genom atau pekerjaan CDC dalam deteksi molekuler tingkat lanjut, kunjungi https://www.cdc.gov/amd/
